PubMed: Past, Present and Future PART III

27 06 2008

The Future: ????

This is a continuation of Part I and II

Part I (click here) describes that PubMed contains many different tools, some of which are quite difficult in use and/or hidden, i.e. Single Citation Matcher, MeSH database and Clinical Queries.

This counterintuitive character of the PubMed interface leads to Google-like searches, that are often ineffective, driving some people crazy. Anna Kushnir for instance started a little riot on her blog by shouting out loud that she hates PubMed. Her ranting elicited a response of Dr. Lipman of the NCBI who reassured her “that a number of changes are underway that will make PubMed work better for her and many other users”.

Part II (click here) describes the new PubMed features recently introduced to meet the wishes of an apparent majority of people that come to PubMed in search for specific information ‘with one finger snap’:

  • ATM has been modified to enable retrieval of citations: multi-word terms are split and sought individually in all fields, including author, address, journal-title field
  • Introduction of a Citation Sensor, that matches searches with citations
  • Advanced Search Beta that allows to specify fields for searching
  • Disappearance of the blue side bar to play along with new features.

These modifications facilitate retrieval of citations to some extent, though not as effectively as the ‘good old’ Single Citation Matcher and at the cost of effective subject searching. In particular, the renewed ATM leads to an unacceptable low precision (ample examples given).

Part III is about the future, but what the future has in store I do not know. I have some ideas though as to what I would like the (near) future to bring (or NLM/NCBI to change) :

[General]
People come to PubMed with different kinds of backgrounds, information skills, questions and aims. Rather than creating one tool that serves them all, but imperfectly, why not create different tools that serves each group well? Why replace Mercedes-cars by Flintstone-mobiles, because 90% of the people rather use their feet? Make 10% Mercedes or learn the Flintstones how to enjoy driving a real motor-driven car!
Thus make it easy on newbies and people just passing by, give them an idea what they might have missed and why, but still enable exhaustive subject searching for those that wish/need to do so. PubMed should not be just Google-like because people are used to that. Number one priority should be that people find what they are looking for! If this means that they have to do a little training: o.k., what’s wrong with that? I agree fully with David Rothman’s view on the anna-kushnir-when-the-user-actually-is-broken story as expressed in his excellent post. I particularly like the parable he gave:

“I remember asking my father to teach me to program in BASIC. He cheerfully agreed and handed me the big brown manual”

PubMed should not imitate its look-alikes, which do an awful lot better with regard to user-friendliness (see for instance here), but generally are NOT very suitable for (more exhaustive) medical subject searching.

[Specific]
At least disconnect reference and subject searching (please??…)

  • The Single Citation Matcher is a perfect tool that, when found, is easy to use for everyone. Why not give it a more self-evident name, like “reference-seeker” OR “find (the) citation” and put it in a more prominent place?
    If NLM/NCBI decides that the general search bar (or PubMed entrance) should be apt for citation searching, why not create a second one for subject searching? Perhaps give people (optional) tips how to continue:

Want to look up a reference: Go to the Single Citation Matcher.
Have a medical question? Go to the subject search bar (or -page).
Do you want to find the best evidence? Go to clinical queries.

Institutional or personal customization of the interface would be a pro. The OVID-SP interface has many of the above characteristics.

  • For subject searching, the old features suffice. Indeed:
    • Give back the blue side bar to reduce the number of clicks needed to (re)enter the MeSH-database, Clinical Queries, Single Citation Matcher etc.
    • Undo the new ATM feature! The only thing that is ‘enhanced’ is the number needed to read. It’s awful!
    • No Advanced Search Beta in the present form, only some of its features, like locking/unlocking some of the limits and multiple field-selection in the index.
      The idea of boxes is nice though.
      MeSH-fields should be default in any new (advanced) interface, as are Clinical Queries and the MeSH-database.
  • [Dreams]
    • Two different interfaces: for simple and for advanced searches. The first may look like advanced search beta (but with optional boxes), the second with an interface that facilitates comprehensive searching, i.e. staying within the History, powerful tools always one click away, easy navigating and sending terms from MeSH-database to PubMed (no ‘Send to Search Box’).
    • Possibility to save and edit the History and not just one search (like in OVID) and perhaps, perhaps, the adjacency function?
    • All important tools like MyNCBI, RSS, MeSH, more ‘visible and intuitive’ for all.
    • Modernization of MeSH (especially in the non-clinical field) and one MeSH for one concept, i.e. not: (Protein Kinase Inhibitors AND Receptor, Epidermal Growth Factor/antagonists & inhibitors) for EGFR tyrosine kinase inhibitors.

How can (some of) these changes be achieved? “Should I shout out loud: I hate PubMed” in order to be heard? No way. I like PubMed. In essence it is a powerful tool freely available to everyone.

But I hope that PubMed (NCBI/NLM) will not merely watch statistics and listen to the voice of the clamorous crowd, but will also listen to the few expert librarians, who represent a large community. They often know the information needs of our clients and the barrieres in the information-seeking process very well, since they help and train them every day…
—————————-

NL flag NL vlagDe toekomst: ????

Dit is een vervolg van deel I en II

Deel I (klik hier) bespreekt dat Pubmed veel zoekfuncties heeft die vaak nogal complex zijn en moeilijk te vinden, zoals de zoekbalk, de Single Citation Matcher, de MeSH-database en Clinical Queries.

Omdat PubMed zo ingewikkeld overkomt zoeken mensen veelal zoals in Google via de zoekbalk, met als gevolg dat het resultaat te wensen overlaat. Uit onwetendheid schuift men de schuld af op PubMed. Zo ging Anna Kushnir op haar weblog luid te keer dat ze PubMed haatte. Hierop reageerde Dr. Lipman (NCBI) met de mededeling: “a number of changes are underway that will make PubMed work better for her and many other users”.

Deel II ((klik hier) Beschrijft de nieuwe zoekfuncties, die recent zijn geintroduceerd om aan de wensen van die mensen tegemoet komen die kennelijk de meerderheid vormen: diegenen die snel even in PubMed zoeken om iets te vinden:

  • ATM is gewijzigd dat PubMed ook citaties kan vinden: Termen worden nu in alle velden gezocht en opgesplitst, indien ze uit meerdere woorden bestaan.
  • Citation Sensor, die citaties ‘herkent’.
  • Advanced Search Beta, waarin je op specifieke velden kunt zoeken.
  • Verdwijnen van de blauwe balk rechts.

Door deze veranderingen kunnen specifieke referenties soms iets beter gevonden worden, maar lang niet zo effectief als met de ‘oude vertrouwde’ Single Citation Matcher en ten koste van een onacceptabele hoeveelheid ruis, vooral door de nieuwe ATM.

Part III gaat over de toekomst. Wat die brengt weet ik natuurlijk niet. Wel weet ik wat ik graag zou willen dat er verandert.

[Algemeen]
PubMedgebruikers verschillen qua achtergrond, zoekvaardigheid, vragen en doelstelling. Waaorm zou je al deze mensen op dezelfde manier laten zoeken, waarom niet verschillende mogelijkheden voor verschillende gebruikers? Waarom zou je mercedes-auto’s willen vervangen door flinstone-auto’s, omdat 90% van de mensen liever zijn voeten gebruikt? Maak voor die 10% Mercedes-auto’s (of Opel Astra’s) of leer de Flintstones hoe ze moeten rijden in een auto die op benzine rijdt.
Maak het makkelijk voor beginners of mensen die eventjes iets zoeken, attendeer ze op wat ze misschien missen en waarom, maar laat het ook mogelijk blijven om op een makkelijke manier uitgebreide zoekacties te doen. PubMed moet toch niet op Google lijken, omdat mensen aan Google gewend zijn? Het allerbelangrijkste is dat mensen vinden waar ze naar zoeken. Als dat betekent dat ze zich er een beetje in moeten verdiepen, dan is dat toch o.k.?! Ik ben het helemaal met David Rothman’s visie op het Anna Kushnir gebeuren eens. Deze vergelijking is ook wel treffend:

“I remember asking my father to teach me to program in BASIC. He cheerfully agreed and handed me the big brown manual”

PubMed moet ook niet proberen zijn kopieen na te bootsen. Die zijn veel gebruikersvriendelijker (zie bijv hier), maar meestal niet bijzonder geschikt voor het uitgebreid zoeken op onderwerp. En dat is nu juist de meerwaarde van PubMed.

[Specifiek]
Koppel het zoeken van citaties los van het zoeken op onderwerp.

  • De Single Citation Matcher is uitermate geschikt voor het vinden van citaties en makkelijk in het gebruik. Het zou wat makkelijker te vinden moeten zijn en een vanzelfsprekender naam moeten hebben, zoals “reference-seeker” of “find (the) citation”.
    Als NLM/NCBI besluit dat de algemene zoekbalk vooral citaties moet kunnen vinden, waarom zou je dan geen 2e balk/pagina kunnen hebben om wel op onderwerp te zoeken? Misschien met wat (optionele) tips:

Want to look up a reference: Go to the Single Citation Matcher.
Have a medical question? Go to the subject search bar (or -page).
Do you want to find the best evidence? Go to clinical queries.

Het zou fijn zijn als je, net als bij OVID-SP, de default instellingen zou kunnen wijzigen.

  • V.w.b. het zoeken op onderwerp voldoet het oude PubMed eigenlijk grotendeels, dus:
    • Geef ons de blauwe menubalk terug! zodat we niet eindeloos moeten klikken om (weer) in de MeSH-database, Clinical Queries en Single Citation te komen.
    • Geef ons de oude ATM terug! Het enige wat ‘vooruit is gegaan’ is de “number needed to read”. Zoveel meer artikelen en zoveel meer ruis.
    • Niet een Advanced Search Beta, hooguit in een aangepaste vorm. Het vastzetten van bepaalde limieten, het kunnen selecteren van verschillende velden zijn goede aanpassingen.
      Ook de velden (voor zoeken, zoekgeschiedenis, limiteren e.d.) zijn geen slecht idee.
      MeSH-index-velden zouden standaard aanwezig moeten zijn, evenals Clinical Queries en MeSH-database.
  • [Dromen]
    • Twee verschillende interfaces voor beginners en gevorderden. De 1e zou op Advanced Search Beta mogen lijken (maar met MeSH-velden), de 2e zou uitgebreid zoeken mogelijk moeten maken. Je zou graag in de Zoekgeschiedenis willen blijven, alle belangrijke hulpmiddelen binnen bereik willen hebben en makkelijk willen navigeren vanuit PubMed naar de MeSH database en v.v. (niet via de ‘Send to Search box’ bijvoorbeeld).
    • De mogelijkheid om de hele zoekgeschiedenis te bewaren en te bewerken en misschien, misschien …. nabijheidszoeken (net als in OVID)?
    • Alle belangrijke zoekopties zoals MyNCBI, RSS, MeSH duidelijker zichtbaar en makkelijk in het gebruik.
    • Aanpassen van MeSH aan de moderne tijd/prekinische vakken en één MeSH voor één concept, bijv niet: (Protein Kinase Inhibitors AND Receptor, Epidermal Growth Factor/antagonists & inhibitors) om ‘EGFR tyrosine kinase inhibitors’ te vinden.

Hoe (enkele van) deze veranderingen te bereiken? Moet ik ook uitschreeuwen dat ik PubMed haat voor ik gehoord word?
Tuurlijk niet, ik haat PubMed niet. Het is prachtig dat zoiets als PubMed bestaat. In principe is het een geweldig goede database met heel veel mogelijkheden. En wat ook ook heel belangrijk is: het is gratis beschikbaar voor iedereen.

Maar ik hoop alleen dat de mensen achter PubMed (NCBI/NLM) niet alleen maar naar de statistieken kijken en naar de stem van de massa luisteren, maar ook de mening van informatiespecialisten ter harte nemen. Want zij vertegenwoordigen eigenlijk een heel grote groep gebruikers en weten uit ervaring waar hun klanten naar op zoek zijn en tegen welke problemen ze oplopen.

About these ads

Actions

Information

2 responses

1 04 2009
PubMed Changes at the Front Door « Laika’s MedLibLog

[...] Pubmed: past present and future – part iii: the future (2008/06/27/) [...]

23 04 2011
Googler

nice article with inspiring information.. Keep posting good article like this.. All the best!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s




Follow

Get every new post delivered to your Inbox.

Join 610 other followers

%d bloggers like this: